截至当地时间1月29日，日本本季已确认有16个县的共计39家养鸡场或养鸭场发生禽流感，扑杀数量共计约619万只，发生数和扑杀数均创新高，出现大规模流行。日本农林水产省就发生疫情的30家养鸡场并分析原因发现，9成养鸡场的墙壁和天花板存在能让传播病毒的野生小动物入侵的缝隙。对此，农水省认为按照国家卫生管理标准的野生动物入侵防范措施可能未得到贯彻，以致疫情扩大。
农相野上浩太郎已示意，将向都道府县知事下达指示，要求对无正当理由而不遵守国家卫生管理标准的养鸡农户等公布名称。
据日本共同社30日消息，农水省向养鸡场派遣由专家等组成的“流行病学调查团队”，调查感染路径，迄今已公布对15个县的36家养鸡场实施调查的报告。对香川（首例疫情发生地）、福冈、兵库和宫崎等12个县的30家养鸡场，按照规定家禽管理方法的《饲养卫生管理标准》各项内容是否得到遵守进行了分类。
其中，不到位问题最多的是对鸡舍屋顶和墙壁出现破损时的应对，标准规定应“立即修缮破损处”，但在27家养鸡场发现小的缝隙和破损。在其余养鸡场，即使没有缝隙的鸡舍，也确认到有老鼠入侵的痕迹。据称，携带病毒的老鼠和小鸟进入鸡舍偷吃鸡饲料，鸡吃了这些附着病毒的饲料就会感染。
而人员出入每间鸡舍时，未充分进行手指消毒和手套更换的养鸡场也达到19家。另外还存在怀疑其他细菌引起的疾病而未及时报告的情况。农水省负责人要求称：“希望定期巡视，努力预防感染。”
据内阁府的食品安全委员会称，在日本国内，即使食用感染的鸡肉和鸡蛋，也没有人感染的可能性。即使确认发生禽流感，也将通过出货管制，不会流向市场。