也许每位少女的童年都有这样一个魔法少女吧，她本来平平无奇，却无意间签订契约成为了魔法少女，她有着漂亮衣服和绚烂的魔法，作为正义使者保护世界，从一个丑小鸭变成了所有人憧憬的象征。似乎所有的魔法少女都是那样顺风顺水，但有一部魔法少女却否定了这一切，就像是世界上没有免费的午餐一样，世界上也没有免费的奇迹，成为魔法少女后你就注定要背负奇迹带来的诅咒。
“我认为，告诉小孩子世界上没有黑暗是一件很糟糕的事情。”一个号称爱的战士的男人如是说道，他就是虚渊玄。
2011年一月，在日本电视台开始每日放送一部名为《魔法少女小圆》的动漫，导演新房昭之，编剧虚渊玄。也就是在这部动漫之后，魔法少女们的平静彻底被打破了，自此，魔法少女黒深残系列层出不穷，魔法少女网站，魔法少女特殊站明日香等，虽品质一般但热度不减，但无论是哪部魔法少女，都无法复制魔法少女小圆所带来的成绩和奇迹。
故事是开头是恍如梦境的场景，少女小圆奔跑在黑白颠倒的螺旋图案中，命运的螺旋指针悄然开始了转动。在黯淡的世界中，她的眼前出现了另一位少女，她在独自一人的对抗着什么拯救着这个世界。
眼前萌萌哒的吉祥物丘比对她说道：放弃的话就到此为止了，但是，你可以改变命运。无法迴避的毁灭与叹息，一切都由你来颠覆即可，你具有的正是为此而生的力量。所以请与我签订契约，成为魔法少女吧。
小圆思索了几秒，目光逐渐坚定……
故事正式开始，主角小圆，全名鹿目圆。目前刚刚从梦中苏醒，过着平淡无奇的初中生活，是一个没有什么特点的女孩。她和往常一样与好友沙耶加一起上学，不同的是她们班上来了一位转学生——晓美焰。
小圆惊讶的看见晓美焰，毫无疑问晓美焰就是她梦中出现的那个一直在与什么对抗的人。而小焰的行为看似又认识小圆，对学校也很熟悉，并问了很奇怪的问题，这让小圆很疑惑。
某天放学，小圆听见了“救救我”的声音，她寻觅着声音救了一个外表萌萌哒的吉祥物丘比，而追杀者正是晓美焰。
通过丘比，小圆和沙耶加慢慢了解魔法少女的世界并认识了金发的学姐巴麻美，原来魔法少女与丘比签订契约后可以附赠一个愿望和漂亮的灵魂宝石，而平日里对战的是的魔女，对战结束后吸收的悲叹之种可以净化灵魂宝石。小圆她们有些被这种绚烂魔法闪烁的美好冲昏了头脑，加上附带的奇迹，两人都有些蠢蠢欲动。
故事中第三集之前，都是美好平静的日常。但崩坏和晦暗早在故事的第一秒就蔓延了，都说三集定律，第三集也是著名的学姐断头回。在学姐满怀期待希望的以为要拥有新同伴不再孤身一人后头就被咬断了，别说小圆沙耶加了，观众都是一脸懵逼。在充满希望的刹那就被无尽的绝望所吞噬撕碎，甚至还来不及反应。曾经听过一句话：“悲剧就是把美好的东西撕碎给你看。”虚渊玄可以说是完美的诠释了这一句话。
晚来一步的晓美焰只救了小圆和沙耶加，面对学姐的尸体，她也只是平淡的说：“现在知道了吧，魔法少女的下场。”面对沙耶加的愤怒责问，晓美焰只是转身离开。
但沙耶加有一位深爱的青梅竹马，他喜欢音乐只可惜一场意外让他再无法拉小提琴，沙耶加为其许愿，让他伤势痊愈能再次站上舞台演奏。
而城市中因为学姐死亡，出现了一位新的魔法少女杏子，红发张扬，嘴角带笑。原本和沙耶加敌对的杏子因为沙耶加与之相同的遭遇，警告了沙耶加为他人许愿是不会有好结果的，并说沙耶加想成为正义伙伴之类的最好放弃从今往后为自己而活之类的话语。
杏子的父亲一直执着于向他人传授教会的信仰奈何没有人理会，而杏子机缘巧合成为魔法少女后许愿让父亲的信仰受人信任尊重，果真有了许多信徒，但父亲得知真相后才发现所有人都是被魔法吸引罢了，教会信仰都只是他自以为是构建的虚假没有人在乎也没有人在意，连他最心爱的女儿也用魔法否定摧毁了一切，精神奔溃自杀了。尽管这并非杏子本意，但那时候她就明白了，为他人许愿是不会有好下场的。
沙耶加的青梅竹马被好友告白了，沙耶加却无可奈何，随着时间推移她也洞悉了一下魔法少女的秘密比如她们现在已经是一块灵魂宝石了，身体只是躯壳，灵魂宝石不被破坏她们就不会死。但这样的她，真的能配之称为人类吗？沙耶加自卑，对本我开始了无穷无尽的自我否定，最终错过了青梅竹马。与此同时，各种外因的刺激下，沙耶加开始怀疑这个世界是否还有守护的价值，还伤害了最重要的朋友小圆，终于在悲伤绝望达到顶端之时，在杏子眼前化为了魔女。
就像童话中的小美人鱼般，那个执着爱着王子的人鱼说道：我真是个笨蛋啊。然后就化作泡沫了，人鱼沉溺在海中，而沙耶加亦是沉溺于绝望包裹的晦暗之海。
这个国家把成长期的女性称为“少女”，那么终将成为魔女的你们，就该称为“魔法少女”吧？远方的丘比说道。
每位魔法少女心中都有一位魔女，在包裹灵魂的灵魂宝石破碎之时，那位孕育爱欲恨意悲愿懊悔失落罪恶的魔女就会溢出，宛如打开潘多拉魔盒。那一瞬人的本我就会消失，遗物只有一具躯壳和无尽绝望。
而被指责的小圆原本想与丘比签订契约，这样就能与沙耶加感同身受一起战斗了。但丘比被拥有时间回溯能力的晓美焰爆头，契约并没有成功。而晓美焰能力被丘比察觉：晓美焰，你不是……这个时间线的人吧。
晓美焰的往事也犹如画卷般展开，在晓美焰还是一个带着眼镜土气打扮的少女时，小圆就出现了，带着她进入了魔法少女的世界，她给予她温暖，与她一起欢笑。但在最终大决战魔女之夜时，面对一周目小圆的请求：能否去拯救那个还没有被丘比欺骗的我时？晓美焰选择了答应，最终一次次轮回，寻找拯救的方法，但现实只是残酷的给其一次次打击。
而小圆最开始做的那个梦就是某个周目，小圆答应魔法少女，一击便摧毁了魔女之夜，最终也化作了救济魔女。而晓美焰怅然若失，最终看着千疮百孔的世界说道：我的战场不在这里。便开始了下一周目的轮回，从此往复，不断循环。
而一次次轮回中，因为晓美焰的初衷是拯救小圆，所以缠绕在小圆身上的因果线越来越多，因此小圆也愈发强大，丘比也愈发想让小圆成为魔法少女。晓美焰的每一次轮回其实都是在增加小圆成为魔法少女的几率。并且越是重复，晓美焰就越是偏离与小圆生活过的时间。心意也相互偏离，言语也渐渐无法相通。她大概早已经迷路了。“要拯救你”这是晓美焰最初的心意，而到如今，这是最后留下的唯一路标。
晓美焰则冷漠的称呼丘比为孵化者，丘比仅此一笑，也不再隐瞒。丘比是不同于人类的另外一个种族，他们有史以来就在干涉人类的历史了，目的是为了收集魔法少女化作魔女那一刻由绝望产生的巨大能量，而魔法少女许下了祈愿作为代价就要承受与祈愿同等的绝望，在绝望达到顶峰便会化作魔女。因为丘比这个种族没有感情所以只能来到地球。而如果告诉魔法少女们真相她们一般都难以承受，所以丘比选择了隐瞒，构建了一个魔法少女的骗局。
面对晓美焰的诘问，丘比笑着说道：数不清的少女们与我们契约、完成愿望，然后因绝望而葬身 从祈祷中诞生 而结束于诅咒，这就是时至今日众多魔法少女不断重复的轮回。背叛她们的不是我们，而是她们自身的祈愿。无论什么愿望，只要不符合常理，就一定会孕育出某种歪曲。最终从中产生灾难也是当然的法则。
在大决战魔女之夜，学姐已死，杏子与沙耶加同归于尽，城市中的魔法少女只剩下晓美焰一人。面对空前强大的魔女之夜，晓美焰怎么也无法打败，她正想再次轮回时却想起了丘比的话语，真的要一次次增加小圆的因果线吗？她所做的一切是否都是徒劳？正在绝望蔓延时，小圆握住了她的手。
“如果仅仅是因为我的祈愿就可以拯救所有人，那么我愿意成为魔法少女。我想让所有魔女消失在诞生之前，成为什么都无所谓，面对着与魔女战斗至今的各位，面对着一直相信希望的魔法少女，我不希望她们流泪，希望到最后一刻，她们都能够面带笑容。我会打破阻碍她们微笑的一切规则，会改变这一切规则，这就是我的祈祷，也是我的心愿。”小圆并非是实现希望，而是成为了希望本身，实现了他人的希望。
因为许下的祈愿是与自身能力有关，所以小圆的许愿甚至可以歪曲宇宙的法则。小圆选择消灭过去和未来的所有魔女，那些被污浊的灵魂宝石终于得以净化，魔法少女的灵魂得以安息。最终小圆化作圆理之环的概念存在，消散在了除晓美焰外所有人都记忆中。小圆对世界的爱比希望更炽热，比绝望更深邃，正因如此她拥有一颗神的心，最终也化作救济的存在。魔女消失作为替代魔兽出现，而晓美焰守护着小圆所在的城市，就像曾经守护小圆，背负着对小圆的爱和希望战斗下去。
虽然这是一个不断重复着悲哀和憎恨的无可救药的世界。这里毕竟曾是她试图保护的地方。我会牢记这一点：永不放弃——《魔法少女小圆》。
看似已经算是happy end的结局却并不是那么幸福，牺牲了一切却被所有人忘却的小圆，渴望小圆幸福却彻底失去小圆的晓美焰。即便这已经是最好的结局，但世界迷茫的悲愿爱欲还是无法根除，诅咒变换了形式，依然在黑暗中窥伺着人们。所以即使没有魔女也会出现魔兽，魔法少女仍然就无休无止的战斗下去，永远无法逃离既定的命运，而圆理之环只是在宇宙某个角落给予了魔法少女最后的温暖救赎。
《魔法少女小圆》的故事暂告一段落，剧情反转重重爱欲结合，庞大的世界观也得以完美展现，画风诡谲独特，BGM恰到好处，宗教感和仪式感展现的淋漓尽致，可以说将最好最特别的东西杂糅在一块，细细雕琢所构成的作品，即是魔法少女小圆。过大的世界观并没有失真，反而融入了各种宗教信仰文化带来的隐喻，使其内容更加深邃，可以融和各种程度的解析。人物的性格贴近真实，都带有人类固有的性格，即便是最接近神的小圆都有凡人的优柔寡断和怯懦，但故事的最后一刻她抛弃了人的一切，作为神改变了世界法则，而选择的原因正是因为对世人的“爱”。
故事中的小圆扭曲了宇宙法则创造了奇迹，而小圆也为这部动漫在现实中创造了无与伦比的奇迹。是唯一同时获得日本动画指标性三大奖的电视动画，也是史上获奖最多的日本电视动画。更重要的是，改变了一般性的对魔法少女的既定印象，至此，魔法少女也成为了——高危职业。
